É conhecido o fato, dentro da Psicologia, que a obra de Jung é carregada de elementos espirituais e místicos. No entanto, Jung lamentava a falta de empirismo da religião, o que daria força a existência da personalidade; e do sentido por trás da razão, que daria humanidade às ciências naturais. Para Jung, ciência e religião não se tocavam. Segundo consta, Jung decidiu ser psiquiatra porque, para ele a psiquiatria englobaria o campo comum da experiência dos dados biológicos (ciência) e dados espirituais (religião). Em sua concepção, esse seria o lugar do encontro da natureza e do espírito, onde ambos se tornam realidade.

Com Sigmund Freud, aconteceu o contrário: apesar de nascido na religião judaica, tornou-se um ateu após sua análise dos comportamentos humanos que culminaram com a descoberta de razões lógicas para todos eles, inclusive para a religião (isso de acordo com seu ponto de vista).

Esse "embate" entre Freud e Jung é bem representativo do "embate" entre psicoterapia e aconselhamento pastoral. Enquanto Jung veria um casamento perfeito entre as duas abordagens, Freud (podemos dizer) veria o aconselhamento quase que uma "heresia psicanalítica" por dois motivos: 1) sua teoria psicanalítica não permitia (e não permite até hoje) qualquer tipo de aconselhamento (para os psicanalistas mais ortodoxos nem a interação com o paciente é permitida, somente permite-se a escuta sem qualquer tipo de intervenção do psicanalista) e 2) aconselhamento pastoral seria algo puramente espiritual, coisa que Freud analisaria com a razão pura da psicanálise.

As questões filosóficas entre ciência e religião, ou mais especificamente entre Psicologia e Religião, são antigas e pouco concludentes. É comum uma passar os limites de atuação da outra porque ambas possuem em comum um único objeto de estudo e/ou interesse: o ser humano. Portanto, delimitar as ações de ambas as abordagens é, no mínimo, algo delicado, tal como uma cirurgia capilar. Muitas vezes as zonas de atuação se confundem mesmo. E, nesses casos, conselheiros e psicoterapeutas podem se fundir e, o que é pior, se confundir em suas atuações.